אי-ודאות בתכנון שלב 3מרכיבי תכנון מרכזיים בשלב 3, כגון גודל הניסוי ונקודות הסיום, עדיין לא הוכרעו, מה שיוצר אי-ודאות סביב ציפיות הרגולטור והמסלול הפיתוחי המאשר.
מאזן וסיכון מימונילחברה משאבי מזומנים מוגבלים, והיא תלויה במימון חיצוני כדי לתמוך בפעילות השוטפת ובפיתוח בשלבים מתקדמים, מה שמגדיל את הסיכון לדילול או לעיכובים במימון.
היעילות מרוכזת בתת-קבוצההתועלת החזקה יותר שנצפתה בחולים עם ציוני ELF גבוהים יותר עלולה להגביל את אוכלוסיית היעד, לסבך את גיוס המשתתפים לניסוי ולצמצם את ההתוויה הפוטנציאלית או את האימוץ בשוק.